奈良時代・和銅年間（７０８～７１５年）に鎮護国家の道場として創建され、 最初は「和銅寺(わどうじ)」という名前でした。
最澄が比叡山を開く折に甲賀の地に木材を求め、野洲川を利用して木材を運んでいたところ、日照りが続き、川の水がなくなってしまい運搬は困難を極めました。
そこで雨乞いのための地を探していると、岩根山中腹（和銅寺）より一筋の光が見えました。 そこには池があり、池の中からは薬師仏が出てきました。
その薬師仏を本尊として雨乞いをすると大雨が一昼夜降り続き、木材を比叡山まで運ぶことができたそうです。

のちに京の都で桓武天皇が病気になった際、この池を思い出した最澄が祈祷した霊水を天皇に献上したところ、たちどころに病が治りました。
そんなことから善い水の寺「善水寺」という名前に変わったといわれています。

◇善水寺はあの最澄とゆかりがある地！
　（最澄は日本の天台宗の開祖であり、伝教大師として広く知られます ）
◇本尊は普段は公開されない秘仏「薬師瑠璃光如来(やくしるりこうにょらい)」
　（御開帳は不定期、前回は2015年）
　多くの人が苦しめられる「病」の災いを除き、安楽を与える「病気平癒」「身体健全」の
　ご利益があります。如来は仏の中で最高の境地に至った存在です。
◇本堂が国宝に指定されています。
◇お寺の名前の由来になった善水寺の水は、専用の容器に入れて持ち帰ることができます。
　（志納金１００円）
◇本堂外陣には仁王像、内陣には梵天・帝釈天・四天王・十二神将が祀られていて、
　これらオールキャストが一堂に会するお寺は全国でも珍しい。